La Escuela de Graduados de la Facultad de Ciencias Forestales y Recursos Naturales administra desde 1975 los programas de postgrado de la macrounidad. Actualmente, la Facultad ofrece el programa de Doctorado en Ecosistemas Forestales y Recursos Naturales y el programa de Magíster en Ciencias mención Bosques y Medio Ambiente.
Ambos programas son impartidos por académicos con trayectoria en productividad científica reflejada en publicaciones de alto impacto y proyectos de investigación, desarrollo e innovación. Lo anterior, genera condiciones de enseñanza-aprendizaje óptimas que permiten involucrar a los estudiantes en investigación de vanguardia y desarrollar sus trabajos de graduación desde el momento en que ingresan al programa.